Trots att det är förbjudet arbetar många barn, de flesta på landsbygden eller inom den informella sektorn. Enligt regeringens egna siffror är de kanske så många som fyra miljoner. Många unga flickor arbetar som hembiträden.
Prostitution i samband med turismen är ett stort problem. Det beräknas finnas cirka 60 000 prostituerade barn i Filippinerna. Merparten av de barn som exploateras i sexhandeln är barn från landsbygden som förs in till städerna. År 2003 infördes en prostitutionslagstiftning som liknar den svenska, det vill säga kunderna kriminaliseras.
Det finns ett stort antal gatubarn i Filippinerna. Enligt UNICEF rör det sig om ca 250 000 gatubarn i hela landet. En del enskilda organisationer hävdar att antalet är mycket större.
Barnsoldater förekommer i de områden där det pågår väpnad konflikt. Parterna i fredsprocessen kring konfliktområdet i Mindanao ingick 2009 ett avtal och antog ett handlingsprogram som syftade till att bekämpa användandet av barnsoldater i konflikten.